Mạc Kính Cung là con trai thứ 7 của Mạc Kính Điển (trong tổng số 18 người con: 9 trai, 9 gái). Khi cha con Mạc Mậu Hợp thất thế, trong lúc con cả của Mạc Kính Điển là Mạc Kính Chỉ thu thập tàn quân chiếm cứ vùng Thanh Lâm và xưng vua ở Nam Giản thuộc Chí Linh, Hải Dương, lấy niên hiệu Bảo Định thứ nhất (1592) thì Đà Quốc công Mạc Ngọc Liễn chạy về phía bắc tìm dòng dõi nhà Mạc (Mạc Ngọc Liễn vốn không phải người họ Mạc mà được ban họ của vua), tìm thấy Mạc Kính Cung ở Văn Châu. Vào tháng 3 năm 1593, Ngọc Liễn lập Mạc Kính Cung làm vua, lấy niên hiệu là Càn Thống thứ nhất.

Lúc này lòng người còn hướng về nhà Mạc, được tin Mạc Kính Cung lên ngôi, đều dẫn nhau đến qui phục. Những người nhà Mạc cũng tìm đến và đi vận động các nơi. Thanh thế nhà Mạc được phục hồi nhanh chóng, có khoảng hơn 30 nhóm, nhóm nhỏ khoảng 700-800 người, nhóm lớn vài ngàn người. Lực lượng nhà Mạc lại chiếm được nhiều vùng suốt tự phương Bắc tới sông Nhị Hà, toàn bộ trấn Kinh Bắc và Hải Dương, quân nhà Mạc về tới đâu khắp nơi đều quy phục dựng cờ vương triều Mạc hưởng ứng.